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STUDIO DI INTERAZIONI MOLECOLARI MEDIANTE SPETTROSCOPIA NMR

Il presente progetto ha come obiettivo l'analisi mediante NMR di interazione di ligandi a basso peso molecolare con target proteici e/omembrane. Le tecniche NMR utilizzate per l’osservazione dell’interazione di ligandi a basso peso molecolare con target proteici sono basate sull’osservazione del ligando a basso peso molecolare (ligand-based) o della proteina (structure-based). Per quanto riguarda le tecniche ligand-based ci si riferisce in particolare alla Farnesil Pirofosfato Sintasi (FPPS), relativamente alla quale è già avviato nel laboratorio in cui svolgo il progetto di dottorato, uno screening di ligandi a partire dal composto isopentenil adenosina (i6A).6 Per questo target l’idea è di continuare lo screening di ligandi a livello del sito attivo, utilizzando i dati di interazione precedentemente ottenuti, Per quanto riguarda le tecniche structure-based queste sono basate sull’osservazione di target arricchiti con 15N e 13C. Di queste deve essere nota l’assegnazione delle risonanze e la struttura in modo da poter osservare variazioni dei chemical shift in risposta all’aggiunta di ligandi, (Chemical Shift Mapping).8 In particolare, ci si riferisce all’osservazione di ligandi che possono interagire con Gp36-Membrane Proximal External Region (MPER). La struttura di Gp36-MPER è stata risolta mediante NMR nel nostro laboratorio usando tecniche eteronucleari su campioni arricchiti in 15N e 13C, ottenuti mediante tecniche di DNA ricombinante in E. coli.11 1. Bruno, A., Scrima, M., Novellino, E., D'Errico, G., D'Ursi, A.M., Limongelli, V. The glycan role in the glycopeptide immunogenicity revealed by atomistic simulations and spectroscopic experiments on the multiple sclerosis biomarker CSF114(Glc) (2015) Scientific Reports, 5, art. no. 9200,. 5.228 2. Di Pisa, M., Pascarella, S., Scrima, M., Sabatino, G., Real-Fernández, F., Chelli, M., Renzi, D., Calabrò, A., D'Ursi, A.M., Papini, A.M., Rovero, P. Synthetic peptides reproducing tissue transglutaminase-gliadin complex neo-epitopes as probes for antibody detection in celiac disease patients' sera (2015) Journal of Medicinal Chemistry, 58 (3), pp. 1390-1399. 5.589 3. Testa, C., Scrima, M., Grimaldi, M., D'Ursi, A.M., Dirain, M.L., Lubin-Germain, N., Singh, A., Haskell-Luevano, C., Chorev, M., Rovero, P., Papini, A.M. 1,4-disubstituted-[1,2,3]triazolyl-containing analogues of MT-II: Design, synthesis, conformational analysis, and biological activity (2014) Journal of Medicinal Chemistry, 57 (22), pp. 9424-9434. 5.589 4. Scrima, M., Lauro, G., Grimaldi, M., Di Marino, S., Tosco, A., Picardi, P., Gazzerro, P., Riccio, R., Novellino, E., Bifulco, M., Bifulco, G., D'Ursi, A.M. Structural evidence of N6-isopentenyladenosine as a new ligand of farnesyl pyrophosphate synthase (2014) Journal of Medicinal Chemistry, 57 (18), pp. 7798-7803. 5.589 5. Scrima, M., Di Marino, S., Grimaldi, M., Campana, F., Vitiello, G., Piotto, S.P., D'Errico, G., D'Ursi, A.M. Structural features of the C8antiviral peptide in a membrane-mimicking environment (2014) Biochimica et Biophysica Acta - Biomembranes, 1838 (3), pp. 1010-1018. 3.687 6. Rodriquez M, Cretoso DS, Euterpio MA, Russo P, Crescenzi C, Aquino RP. Fast determination of underivatized gentamicin C components and impurities by LC-MS using a porous graphitic carbon stationary phase. Anal Bioanal Chem. 2015 Oct;407(25):7691-701. doi: 10.1007/s00216-015-8933-6. 3.125 7. Mineralocorticoid receptor in adipocytes and macrophages: a promising target to fight metabolic syndrome.Marzolla V, Armani A, Feraco A, De Martino MU, Fabbri A, Rosano G, Caprio M Steroids. 2014 Dec;91:46-53. doi: 10.1016/j.steroids.2014.05.001. Epub 2014 May 10. Review.!!