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COMPUTATIONAL METHODS FOR THE PREDICTION OF LIGAND-RECEPTOR BINDING

Partendo da una struttura proteica nota, intendiamo utilizzare le simulazioni di dinamica molecolare (MD) per esplorare i cambiamenti conformazionali indotti dal ligando e per raccogliere diverse istantanee di strutture del recettore per eseguire gli studi di cross-docking. Per convalidare l'accuratezza del nostro protocollo flessibile nel docking, utilizzeremo un insieme di 10 conformazioni cristallografiche del recettore androgeno con lo stesso bersaglio ma con diversi ligandi.(IF=3.498 * 1.5) The effect of hydroxylated fatty acid-containing phospholipids ... - ----Piotto S.*, Trapani A., Bianchino E., Ibarguren M., López D.J., Busquets X., Concilio S.Biochimica et Biophysica Acta - Biomembranes2014, 1838, 1509-151710.1016/j.bbamem.2014.01.014(IF=3.498 * 1.5) Differential effect of 2-hydroxyoleic acid enantiomers... ----Piotto S.*, Concilio S., Bianchino E., Iannelli P., López D.J., Terés S., Ibarguren M., Barceló-Coblijn G., Martin M.L., Guardiola-Serrano F., Alonso-Sande M., Funari S.S., Busquets X., Escribá P.V.Biochimica et Biophysica Acta - Biomembranes2014, 1838,1628-163710.1016/j.bbamem.2013.12.023(IF=3.028 *1.5) Yada: a novel tool for molecular docking calculations ---- Piotto S.*, Di Biasi L., Fino R., Parisi R., Sessa L., Concilio S.Journal of Computer-Aided Molecular Design 2016, 30, 753-75910.1007/s10822-016-9953-9(IF=1.879) Zn-complex based on oxadiazole/carbazole ...----- Concilio S.*, Bugatti V., Neitzert H.C., Landi G., De Sio A., Parisi J., Piotto S., Iannelli P. Thin Solid Films 2014, 556, 419-42410.1016/j.tsf.2014.01.011(IF=3.498) Structural features of the C8 antiviral peptide in a membrane-mimicking environment----- Scrima M., Di Marino S., Grimaldi M., Campana F., Vitiello G., Piotto S.P., D'Errico G., D'Ursi A.M*.Biochimica et Biophysica Acta - Biomembranes2014, 1838, 1010-101810.1016/j.bbamem.2013.12.010