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SVILUPPO DI UN PANNELLO DI GENI SU TECNOLOGIA NEXT-GENERATION-SEQUENCING PER L'ANALISI GENETICA DEI PARKINSONISMI GIOVANILI E DELLE DEMENZE

Il progetto si propone di analizzare in circa 100 pazienti con forme pure o complesse di SP e SD ad esordio precoce (<50 anni), con o senza familiarità positiva per patologie neurodegenerative, 31 geni responsabili di forme di SP e SD a trasmissione autosomica dominante, recessiva, recessiva X-linked, o noti per essere importanti fattori di rischio genetici (SNCA, GBA, Parkin, PINK1, DJ-1, SYNJ1, DNAJC6, ATP13A2, FBXO7, PLA2G6, MAPT, RAB39B, PODXL, VPS13C, SMPDC1, NPC1, NPC2, GCH1, PRKPA, ATP1A3, PSEN1, PSEN2, APP, DCTN1, TARDP, VCP, hnRNPA2B1, CHMP2B, FUS) su piattaforma MiSeq e tecnologia TruSeq Custom Amplicon (Illumina). Dal DNA estratto dai pazienti selezionati, previo attento controllo delle caratteristiche qualitative e quantitative dei campioni ottenuti, si prepareranno delle librerie genomiche e gli esperimenti verranno effettuati secondo i protocolli standard. I dati ottenuti saranno sottoposti ad una elaborazione bioinformatica basata su filtri e stabilite pipelines, utilizzando software dedicato Illumina. La potenziale patogenicità delle nuove varianti identificate sarà valutata utilizzando programmi bioinformatici (PolyPhen2, SIFT, MutationTaster, MutationAssessor, Provean), e la loro frequenza sarà indagata consultando database di grandi popolazioni quali dbSNP, EVS, EXaC, 1000 Genomes. La conservazione di aminoacidi mutati sarà analizzata con il software ClustalOmega. Se necessario, le varianti selezionate saranno analizzate anche in una coorte di 100 controlli sani della stessa origine dei pazienti. Tutti i pazienti portatori di una variante patogenetica saranno sottoposti ad una dettagliata valutazione clinica e, qualora possibile, la ricerca della mutazione identificata sarà proposta ai familiari affetti e o sani maggiorenni.