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PROGETTAZIONE E SINTESI DI MOLECOLE CON ATTIVITÀ ANTIMICROBICA

L’idea di base del lavoro è che una classe di AMP che condivide le stesse proprietà strutturali molto probabilmente agisce con lo stesso meccanismo di azione. Pertanto sarà sviluppato un nuovo modello matematico in grado di effettuare un’analisi QSAR che metta in relazione una o più proprietà strutturali (descrittori molecolari) di una classe omogenea di peptidi antimicrobici e la sua attività antimicrobica verso specifici agenti patogeni. I metodi previsti richiederanno l’uso di Algoritmi genetici (GA), Artificial Neural Network (ANN) e Support Vector Machine (SVM). Si procederà determinando la struttura tridimensionale con tecniche di dinamica molecolare, dei peptidi antimicrobici attualmente disponibili nella libreria di YADAMP. Saranno poi calcolati nuovi descrittori molecolari basati sulla struttura tridimensionale e sull'interazione membrana-peptide.Authors_______Title______________________________________________________Journal______________________________________________________Year___IF(2013)___PS___IF*PSPiotto et al_____YADAMP: yet another database of antimicrobial peptides_____________Int. J. of Antimic. Ag._______doi:10.1016/j.ijantimicag.2011.12.003______2012___4.259_____1.5___6.3885Piotto et al_____Small azobenzene derivatives active against bacteria and fungi________Eur. J. of Med. Chem.________doi:10.1016/j.ejmech.2013.07.030_______2013___3.432_____1.5___5.148Lopez, et al.___2-Hydroxy arachidonic acid: a new non-steroidal anti-inflammatory drug__PloS one__doi: 10.1371/journal.pone.0072052_______________________2013___3.534______1____3.534Piotto et al_____Differential effect of 2-hydroxyoleic acid enantiomers on protein...______BBA-Biomembranes__doi:10.1016/j.bbamem.2013.12.023______________2014___3.431_____1.5___5.1465Piotto et al_____The effect of hydroxylated fatty acid-containing phospholipids in the...___BBA-Biomembranes__doi:10.1016/j.bbamem.2014.01.014_____________2014___3.431_____1.5___5.1465