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STUDIO DEI MECCANISMI DI SENSING NELLE MEMBRANE LIPIDICHE

Nel corso del progetto sarà investigata l'interazione membrana-proteina mediante tecniche di dinamica molecolare e l'utilizzo di nuovi algoritmi sviluppati negli ultimi anni. Sarà data particolare importanza al calcolo del lipid pressure profile (LPP) e alla parametrizzazione di membrane "implicite" che possano consentire la simulazione di proteine di membrana (quali l'SMS1 e l'APP) per tempi superiori al microsecondo.Le membrane che saranno preparate per questo studio consistono di molecole lipidiche completamente solvatate in acqua, per mimare la struttura delle membrane biologiche. Queste membrane saranno sia simmetriche che asimmetriche con un numero di lipidi compreso tra 200 e 600. Le dinamiche saranno realizzate su grid e su cluster di GPU ad elevata prestazione per tempi compresi tra i 20 ee i 500ns. Per i lipidi, dove possibile, utilizzeremo un modello atomico precedentemente validato.International Patent:Composition having a germination-preventing activity, processes for obtaining said compositions and use thereof, (2009), F Guariglia, P. Iannelli, P. Scarfato..................................IFCIF*C2012 Int. J. Antimic. Ag. 4.421.56.63YADAMP: yet another database of antimicrobial peptidesSP Piotto, S. Concilio, L Sessa, P Iannelli, 39 (4), 346-3512011 PLoS One 3.7313.73Membrane-lipid therapy in operation: the HSP co-inducer BGP-15 activates stress signal transduction pathways by remodeling plasma membrane raftsI Gombos, T Crul, S Piotto, B Güngör, Z Török, G Balogh, M Péter, JP Slotte ...PLoS One 6 (12), e288182011 Soft Matter 3.911.55.87Segregation into domains observed in liquid crystal phases: comparison of experimental and theoretical data, H Amenitsch, C Bombelli, S Borocci, R Caminiti, F Ceccacci, C La Mesa, S. Piotto ... 7 (7), 3392-34032009 Polymer 3.3813.38Freezing the orientation of a nematic stretched elastomer by photocrosslinkingGiulio Malucelli, Pio Iannelli, Marta Giamberini, 50, 8, 2009, 1948-19562010 Bioorg. Med. Chem. 2.9012.90Design and synthesis of spirotryprostatin-inspired diketopiperazine systems from prolyl spirooxoindolethiazolidine derivatives, Alessia Bertamino, Claudio Aquino, Marina Sala, Nicoletta de Simone, Carlo Andrea Mattia, Loredana Erra, Simona Musella, Pio Iannelli, Alfonso Carotenuto, Paolo Grieco, Ettore Novellino, Pietro Campiglia, Isabel Gomez-Monterrey,18, 12, 2010, 4328-43372009 Macromol. Symp. 0.911.51.37Computer Simulations of Natural and Synthetic Polymers in Confined SystemsS Piotto, S. Concilio, F Mavelli, P Iannelli, 286 (1), 25-33Somma IF pesata per i 6 lavori = 23.87